Werki są jednym z najstarszych dworów na Litwie. Zamieszkane były już w czasach pogańskich. Tu się znajdował religijny ośrodek pogańskiej Litwy oraz murowana świątynia arcykapłana Lizdejki (Lizdejka zapoczątkował ród Radziwiłłów) oraz święty gaj dębowy (dąb jest najważniejszym i najbardziej szanowanym drzewem litewskim), w którym czczono bogów pogańskich.
Jak powstała nazwa Werki
Tereny dzisiejszego parku do XIV wieku były własnością wielkich książąt litewskich.
Legenda opowiada, że nazwa “Werki” pochodzi od starolitewskiego “verkti”, co oznacza płakać. Według niej z nielegalnego związku pewnego arcykapłana i pięknej dziewczyny urodziło się dziecko. A ponieważ kapłan nie mógł się żenić, syna schował w orlim gnieździe na drzewie. Podczas polowania książę litewski Giedyminas usłyszał płacz niemowlaka i przygarnął maleństwo. Książę zwrócił się do arcykapłana o wyjaśnienie sensu znaleziska. Arcykapłan skomentował to jako cud. Chłopca nazwano Lizdejko od słowa “lizdas” – gniazdo.
Językoznawcy zaś twierdzą, że nazwa powstała od germanizmu “werki” czyli pakuły, włókna, którego używano do uszczelniania.
Letnia rezydencja biskupia
Po chrzcie Litwy w 1387 roku Jagiełło przekazał Werki biskupstwu wileńskiemu. Od czasów powstania instytucji do połowy XVIII wieku Werki były letnią rezydencją biskupią, w której gościli przyjeżdżające do Wilna osoby królewskie. W 1705 roku biskup gościł cara Piotra Wielkiego, bywał tu król polski Władysław Waza, dyplomaci zagraniczni.
Właścicielem powstałego około 1700 roku pierwszego pałacu kamiennego został Kazimierz Brzostowski. Z jego inicjatywy stanął zespół pałacowy w Werkach (lit. Verkių regionalinis parkas): pałac, kościół w Trynopolu z klasztorem i kościół w Kalwarii z kaplicami drogi krzyżowej. Po 80 latach powstała cegielnia, dwa młyny wodne, browar, mleczarnia i karczma. Istniał park górny i dolny (który do dziś się nie zachował).
Klasycystyczny pałac
W końcu XVIII wieku pałac w Werkach został własnością przewodniczącego Komisji Edukacji Narodowej, biskupa wileńskiego Ignacego Jakuba Massalskiego (wymienił go na Czerwony Dwór (lit. Raudondvaris)). Biskup postanowił wybudować okazały pałac reprezentacyjny. Budowę nad klasycystycznym pałacem powierzył najlepszym architektom tamtych czasów. Pracę rozpoczął profesor Uniwersytetu Wileńskiego Marcin Knackfus (autor oficyn) , od 1789 roku kontynuował i zakończył prace architekt Wawrzyniec Gucewicz.
Dworek zajmował powierzchnię 57 ha. Nowy pałac przeniesiono znad rzeki na wzgórze. W centrum pałacu znajdowała się ogromna sala z dużymi oknami, z której wychodziło się do ogrodu. Tam odbywały się przedstawienia teatralne. Meble do pałacu sprowadzono ze znanych warsztatów paryskich. Biskup zgromadził ogromną kolekcję malarską, którą udostępniał publiczności podczas uczt zbierających elitę Wilna i okolic.
Biskup Massalski budowli ostatecznie nie ukończył. Za jego czasów stanęły dwie symetryczne oficyny oraz szkielet samego pałacu. W 1794 roku Massalski został powieszony, po czym Werki przeszły w obce ręce.
Pałac został mocno zniszczony podczas najazdu napoleońskiego. Kolejni właściciele dokonywali wszelkich ulepszeń.
W 1840 roku właścicielem dóbr werkowskich zostali generał rosyjski, arystokrata pochodzenia niemieckiego hrabia Liudwik von Wittgenshtein i jego małżonka Stefania Radziwiłłówna. Werki pozostały w ich posiadaniu do 1889 roku. W tym czasie ostatecznie zakończono budowę pałacu, dobudowano skrzydło z salą balową i wieżyczką, na dziedzińcu umieszczono fontannę. Wokół pałacu powstał piękny park składający się z parku górnego i wielkiego. Niemodne w końcu XIX wieku oba parki połączono w jeden park krajobrazowy. Zdaniem hrabiego K. Tyszkiewicza pałac ponownie nabrał blasku i stał się jednym z centrów kultury Wilna tamtych czasów.
Do prawej oficyny dobudowano zimowy ogród-oranżerię z tropikalnymi roślinami sprowadzanymi z Włoch (był to jedyny w swoim rodzaju taki ogród na terenach ówczesnej Litwy). W “Przewodniku po Litwie i Białorusi” N. Rauby wydanym w Wilnie czytamy, że był tu wodociąg, cieplarnie i pędzarnie (szklarnie). Na Wilii zbudowano również młyny utrzymujące finansowo całość kompleksu.
Z biegiem czasu rozebrano korpus centralny, a jego rolę przejęła jedna z oficyn, mająca wspaniale wyposażone wnętrza (lewa).
W 1904 roku Werki zdobyły prawa miejskie.
Po śmierci właściciela pałacu nastąpił powolny upadek rezydencji. W latach pierwszej wojny światowej pałac silnie zrabowano. Bez śladu znikły jego dzieła sztuki. Od 1960 roku pałac przejęła Akademii Nauk Litwy. Obecnie tu się mieści Instytut Botaniki oraz restauracja. Pałac jest najbardziej znaczącym i najlepiej zachowanym renesansowym pałacem w Litwie.
Werki dziś
Zespół pałacu stanowi 19 zachowanych do dziś budynków. Najbardziej okazałą jest budowla zbudowana w końcu XVIII wieku w stylu klasycyzmu wschodnia oficyna ( z lewej strony) mająca wiele sal: zieloną (obrazy), renesansową z autentycznym sufitem, barokową (damską), klasycystyczną czerwoną (gdzie odbywały się spotkania najbliżej rodziny), salę w stylu “empire” doby napoleońskiej, czarną (tu się powiesiła jedna z córek właściciela pałacu), białą (służyła jako jadalnia). W zachodniej oficynie (z prawej strony) mieści Instytut Botaniki.
Między oficynami znajdował się pałac centralny, którego fundamenty odkopano podczas prac rekonstrukcyjnych w 1974 roku.
Tradycyjnie co roku na terenach parku jest obchodzone Ś
więto Rosy (Noc Świętojańska).
Pałac jest udostępniony do zwiedzania.