Kościół Bernardynów to jedna z najcenniejszych budowli późnogotyckich Wilna. Murowaną świątynię wzniesiono na przełomie XV i XVI wieku w miejscu wcześniejszego drewnianego kościoła zakonu.
Budowla przylegała do dawnych murów obronnych i sama pełniła funkcję obronną. Do dziś widać w jej murach 19 otworów strzelniczych oraz cztery wieżyczki w narożach korpusu.
Ceglany kościół należy do największych budowli gotyckich na Litwie. Wnętrze kościoła halowe, trójnawowe. Nawa główna jest dwukrotnie szersza od naw bocznych. Od prezbiterium oddziela ją łuk tęczowy.
Wyposażenie wnętrza
Wyposażenie wnętrza powstawało przez kilka stuleci i łączy różne style. Gotyk wniosł nowatorską architekturę i snycerkę, której szczytowym osiągnięciem były wielkie retabula ołtarzowe. Ołtarze, które zachowały się lub są znane, pochodzą jednak głównie z epoki nowożytnej.
Ołtarze. W XVII wieku w kościele stało 17 ołtarzy, w większości z drewna klonowego. W XVIII wieku wyodrębniono ołtarz główny z figurą Chrystusa Ukrzyżowanego i relikwią Krzyża Świętego.
Ambona. Powstała w 1690 roku, w okresie baroku.
Organy. Kościół szczycił się jednymi z najlepszych organów w Wielkim Księstwie Litewskim.
Witraże. Duże okna zdobią witraże z postaciami świętych i scenami biblijnymi. Są one głównym akcentem kolorystycznym wnętrza

Skepienia późnogotyckie
Mimo wielu przebudów świątynia zachowała późnogotycki charakter, a jej największą ozdobą są sklepienia. W 1579 roku nawy boczne otrzymały sklepienia gwiaździste, sieciowe i kryształowe, typowe dla późnego gotyku. Ich celem był przede wszystkim efekt dekoracyjny. Autorstwo sklepień kryształowych przypisuje się budowniczemu Michałowi Enkingerowi.
Kaplice i dzwonnica
W odrębie kościoła znajdują się trzy kaplice: św. Michała (1600), Trzech Króli, od 1632 roku pod wezwaniem św. Floriana, Pana Jezusa, urządzona w podziemiu. W XIX wieku rosyjski architekt Nikołaj Czagin dobudował neogotycką dzwonnicę. Nawiązuje ona formą do bryły kościoła, choć jest od niej o kilka stuleci młodsza.
Losy kościoła w XIX i XX wieku
Po upadku powstania styczniowego, w 1864 roku, władze carskie skasowały klasztor bernardynów, a świątynia stała się kościołem parafialnym.
W 1949 roku władze sowieckie zamknęły kościół i przekazały go na magazyny Instytutu Sztuk Pięknych. Otwarto świątynię ponownie dopiero w 1994 roku. W 1981 roku podczas prac konserwatorskich odsłonięto na ścianach fragmenty niszczejących fresków. Przedstawiają one sceny biblijne, w tym Ukrzyżowanie – temat szczególnie bliski bernardynom, propagatorem kultu Męki Pańskiej – oraz motywy roślinne: winorośl i polne kwiaty.
Świątynię otwarto ponownie dla wiernych w 1994 roku.
Powrót obrazu Matki Boskiej Sokalskiej
We wrześniu 2026 roku w kościele odsłonięto i poświęcono obraz Matki Boskiej Sokolskiej, dzieło nieznanego malarza litewskiego z przełomu XVII i XVIII wieku, wykonane temperą i olejem na płótnie. W 2025 roku przeszedł konserwację wraz z dziewiętnastowieczną sukienką.
Dzieje w Wilnie. Ołtarz Matki Bożej Sokalskiej wzmiankowany jest w świątyni od 1713 roku, choć mógł powstać wcześniej. Po zamknięciu kocioła w 1949 roku zdjęto go, a następnie trafił do magazynów muzealnych i ostatecznie do zbiorów Litewskiego Narodowego Muzeum Sztuki. Przechowywano go w innym miejscu. Tam rozpoznano go dopiero w 2012 roku (Juozapas Blažiūnas).
Pierwowzór z Sokala. Według tradycji oryginał namalował pod koniec XIV wieku Jakub Wężyk, litewski malarz na dworze Jagiełły, wzorując się na ikonie jasnogórskiej. Wizerunek, czczony u bernardynów w Sokalu przez Polaków, Rusinów, Litwinów, koronowano koronami papieskimi 8 września 1724 roku. Oryginał spłonął w pożarze kościoła w 1825 roku.
Znaczenie. Obraz wileński uznaje się za najstarszą zachowaną replikę cudownego wizerunku. Do sanktuarium w Sokalu pielgrzymował Stanisław Radziwiłł, przyjaciel litewskich bernardynów.
Klasztor bernardynów
Od stromy północnej przylegają do kościoła wzniesione w XV – XVI wieku zabudowania klasztoru bernardynów. W klasztorze działał nowicjat, bogata biblioteka, skriptorium, w którym prawdopodobnie znaleziono najstarszy zachowany rękopis napisany w języku litewskim. Od 1605 roku działało tu seminarium franciszkańskie. Zakonnicy sprawowali opiekę nad dwoma klasztorami bernardyńskimi. Zakonnice z żeńskiego klasztoru na Zarzeczu, nie posiadając własnego kościoła, przychodziły na modlitwę do kościoła Bernardynów, przechodząc mostem-galerią łączącym klasztor z świątynią. W tym celu w kościele zbudowano drewniany balkon nad wejściem, przeznaczony dla sióstr zakonnych.
W 1864 roku klasztor zamknięto, gmach został zamieniony na koszary armii carskiej.
Odnowa wnętrza kościoła
Od 2008 roku są prowadzone gruntowne prace przy odnowie wnętrza kościoła finansowane ze środków Unii Europejskiej oraz samorządu miasta Wilna. W efekcie tych prac konserwatorskich zostały odnalezione unikalne renesansowe malowidła ścienne z 1568 roku. Obecnie próbuje się przywrócić całości najbardziej zbliżoną do pierwotnej dekorację ścian i sklepień.
Podczas rekonstrukcji wnętrza odrestaurowano poddasze. Na poddasze świątyni prowadzi 75 krętych schodów znajdujących się w południowo-wschodniej wieży. Zwiedzający mogą tam podziwiać drewnianą konstrukcję dachu, otwory strzelnicze oraz zachwycający widok na Wieżę Giedymina i malowniczą panoramę stolicy Litwy.
Warto zwiedzić krypty znajdujące się pod świątynią, które były miejscem pochówku zakonników, księży oraz ofiar wojen i epidemii. Zmarłych chowano w niezwykły sposób – ich nagie ciała owijano w płótno i wypełniano ziemią. W 2003 roku zbadano 6 spośród 20 krypt.
Obrazy kościelne
Przez kilkaset lat istnienia kościoła jego wnętrze wypełniło się obrazami. Jednym z nich, według przekazów, był XVIII-wieczny obraz deskowy przedstawiający Zwiastowanie Najświętszej Maryi Panny. Legenda mówi, że to ten właśnie wizerunek zainspirował Adama Mickiewicza do napisania “Hymnu na dzień Zwiastowania N.P. Maryi”, wydanego w Wilnie w 1822 roku. Obraz znajduje się obecnie kościoła św. Michała, dawnym kościele bernardynek.
W lipcu 2013 roku do kościoła bernardynów wrócił obraz św. Dydaka, uważany przez wiernych za cudowny. Po zamknięciu świątyni w 1949 roku ołtarz rozebrano, a obraz przez dziesięciolecia ukrywano w pobliskim kościele Świętego Ducha. Odbudowę ołtarza prowadzono w 2009 roku, a obraz zawisł na nim w czerwcu 2013 roku. Przedsięwzięcie sfinansowała rodzina Rodowiczów i Radavičiusów. Dla piosenkarki miejsce ma osobiste znaczenie: jej mama uczyła się w Wilnie i do bernardynów chodziła jako uczennica.
Kościół kryje w swoich murach jeszcze niejedną tajemnicę…