Kalwaria Wileńska wraz z kościołem pw. Znalezienia Krzyża Świętego powstała w okresie, gdy dostęp do Jerozolimy, z powodu ogromnych kosztów podróży, był niemożliwy dla większości wiernych. Jest unikalną wartością kultową oraz żywym pomnikiem wiary i męki Chrystusa nie tylko z powodów architektonicznych, ale też swojej historii. Kalwarie w epoce baroku były czymś więcej niż tylko stacjami modlitwy i architektonicznym kaprysem czasów — były teatrem wiary, drogą wyobraźni, mapą duchowej wędrówki, po której stąpała nie tylko stopa pielgrzyma, ale i serce.
Największe sanktuaria kalwaryjskie powstawały w czasie kontrreformacji w XVII wieku w celu krzewienia kultu Chrystusa. Podobne zostało wybudowane również nieopodal Wilna, na wzór Kalwarii Zebrzydowskiej w Polsce. Krajobraz Werek ( lit. Verkiai) i górzyste tereny obrzeży wileńskich wykorzystano jako otoczenie dla postawienia kaplic Stacji Męki Pańskiej. Kapliczki rozrzucone w krajobrazie niczym paciorki różańca uczyły modlitwy nie tylko ustami, ale i ciałem, ruchem, milczeniem.
Początki Kalwarii Wileńskiej sięgają 1662 r., kiedy biskup Jerzy Białłozor zdecydował zbudować sanktuarium jako znak wdzięczności Bogu za odzyskaną niepodległość i ocalenie Wilna pod czas wojny polsko-rosyjskiej. Specjalna komisja pod kierownictwem Gotarda Tyzenhauza wydzieliła około 170 ha ziemi. Motyw zaproszenia braci dominikanów był jasny: opieka nad nowopowstałą Kalwarią. Plan Białłozora wykonali jego następcy.
Początkowo zbudowano drewniany kościół, a następnie w Dniu Zesłania Ducha Świętego 9 czerwca 1669 r. biskup Aleksander Sapieha poświęcił pierwsze, położone w leśnej przestrzeni, kaplice. Jak podają źródła historyczne, dźwięczały wtedy dzwony wszystkich kościołów miasta, a biskup Sapieha sypał ziemię przywiezioną z Jerozolimy.
Niedługo po tym wydarzeniu, w 1675 r., kościół i klasztor spłonęły. Dopiero po 100 latach owe budowle wraz ze sześćdziesięciostopniowymi schodami i tarasem odbudowano. Odnowiono stacje, zbudowano kaplice Drogi Krzyżowej i wyświęcono je ponownie. W 1793 r. odbudowano zakrystię.
Dobra Werkowskie wielokrotnie zmieniały swoich właścicieli. Po Massalskich, byli Potoccy i Jaszeńscy. W 1842 r. władze carskie zabrały ziemie, pozostawiając tylko 36 ha klasztorowi, a w 1850 r. usunięto dominikanów. Pozostała tylko parafia, która przetrwała do dziś.
W marcu 1963 r. władza sowiecka dokonała zbrodni wysadzając w powietrze wszystkie kaplice, za wyjątkiem czterech, które stały w pobliżu kościoła. Zaniechano ich zrujnowania, gdyż od wstrząsów mógł runąć również kościół.
W maju 1990 r., niedługo po odzyskaniu przez Litwę niepodległości, rozpoczęto prace nad odbudową kaplic Kalwarii Wileńskiej. Kalwarię odbudowano z prywatnych środków i ze środków Funduszu Drogowego.
W maju 2002 poświęcono wszystkie stacje Drogi Krzyżowej.
Barokowy kościół pw. Odnalezienia Krzyża Świętego jest centralnym miejscem Kalwarii Wileńskiej. Zgodnie z europejską tradycją kalwaryjską, stanowi on krajobrazową dominantę całości oraz góruje nad całością założenia.
Zbudowany w planie krzyża łacińskiego mieści się na górze symbolizującej Golgotę. Wnętrze kościoła upiększają sceny z Pisma Świętego malowane techniką al secco oraz freski z wykorzystaniem modnego w owym czasie efektu optycznego powiększania wnętrz. W kościele przechowuje się relikwie św. Krzyża podarowane przez papieża Piusa VI w 1782 r.
W Kalwarii Wileńskiej tradycji nie zniszczył ani czas, ani pełna tragedii historia. Wspinając się na kolanach rozmodleni pielgrzymi obchodzą Drogę Krzyżową szukając ukojenia i pojednania się z Bogiem. Później udają się do kościoła, gdzie adorują relikwie Krzyża św.
14 dnia każdego miesiąca w kościele wspólna adoracja relikwii Krzyża Św. Msze św. odbywają się w języku litewskim i polskim.
