Kalwaria Wileńska wraz z kościołem pw. Znalezienia Krzyża Świętego powstała w okresie, gdy dostęp do Jerozolimy, z powodu ogromnych kosztów podróży, był niemożliwy dla większości wiernych. Jest unikalną wartością kultową oraz żywym pomnikiem wiary i męki Chrystusa nie tylko z powodów architektonicznych, ale też swojej historii.
Największe sanktuaria kalwaryjskie powstawały w czasie kontrreformacji w XVII wieku w celu krzewienia kultu Chrystusa. Podobne zostało wybudowane również nieopodal Wilna, na wzór Kalwarii Zebrzydowskiej w Polsce. Krajobraz Werek ( lit. Verkiai) i górzyste tereny obrzeży wileńskich wykorzystano jako otoczenie dla postawienia kaplic Stacji Męki Pańskiej.
Początki Kalwarii Wileńskiej sięgają 1662 r., kiedy biskup Jerzy Białłozor zdecydował zbudować sanktuarium jako znak wdzięczności Bogu za odzyskaną niepodległość i ocalenie Wilna pod czas wojny polsko-rosyjskiej. Specjalna komisja pod kierownictwem Gotarda Tyzenhauza wydzieliła około 170 ha ziemi. Motyw zaproszenia braci dominikanów był jasny: opieka nad nowopowstałą Kalwarią. Plan Białłozora wykonali jego następcy.
Początkowo zbudowano drewniany kościół, a następnie w Dniu Zesłania Ducha Świętego 9 czerwca 1669 r. biskup Aleksander Sapieha poświęcił pierwsze, położone w leśnej przestrzeni, kaplice. Jak podają źródła historyczne, dźwięczały wtedy dzwony wszystkich kościołów miasta, a biskup Sapieha sypał ziemię przywiezioną z Jerozolimy.
Niedługo po tym wydarzeniu, w 1675 r., kościół i klasztor spłonęły. Dopiero po 100 latach owe budowle wraz ze sześćdziesięciostopniowymi schodami i tarasem odbudowano. Odnowiono stacje, zbudowano kaplice Drogi Krzyżowej i wyświęcono je ponownie. W 1793 r. odbudowano zakrystię.
Dobra Werkowskie wielokrotnie zmieniały swoich właścicieli. Po Massalskich, byli Potoccy i Jaszeńscy. W 1842 r. władze carskie zabrały ziemie, pozostawiając tylko 36 ha klasztorowi, a w 1850 r. usunięto dominikanów. Pozostała tylko parafia, która przetrwała do dziś.
W marcu 1963 r. władza sowiecka dokonała zbrodni wysadzając w powietrze wszystkie kaplice, za wyjątkiem czterech, które stały w pobliżu kościoła. Zaniechano ich zrujnowania, gdyż od wstrząsów mógł runąć również kościół.
W maju 1990 r., niedługo po odzyskaniu przez Litwę niepodległości, rozpoczęto prace nad odbudową kaplic Kalwarii Wileńskiej. Kalwarię odbudowano z prywatnych środków i ze środków Funduszu Drogowego.
W maju 2002 poświęcono wszystkie stacje Drogi Krzyżowej.
Barokowy kościół pw. Odnalezienia Krzyża Świętego jest centralnym miejscem Kalwarii Wileńskiej. Zgodnie z europejską tradycją kalwaryjską, stanowi on krajobrazową dominantę całości oraz góruje nad całością założenia.
Zbudowany w planie krzyża łacińskiego mieści się na górze symbolizującej Golgotę. Wnętrze kościoła upiększają sceny z Pisma Świętego malowane techniką al secco oraz freski z wykorzystaniem modnego w owym czasie efektu optycznego powiększania wnętrz. W kościele przechowuje się relikwie św. Krzyża podarowane przez papieża Piusa VI w 1782 r.
W Kalwarii Wileńskiej tradycji nie zniszczył ani czas, ani pełna tragedii historia. Wspinając się na kolanach rozmodleni pielgrzymi obchodzą Drogę Krzyżową szukając ukojenia i pojednania się z Bogiem. Później udają się do kościoła, gdzie adorują relikwie Krzyża św.
14 dnia każdego miesiąca w kościele wspólna adoracja relikwii Krzyża Św. Msze św. odbywają się w języku litewskim i polskim.
