Kościół św. Kazimierza – opiekuna podróżnych i rzemieślników – nosi imię Kazimierza Jagiellończyka – patrona Wilna, kanonizowanego w 1602 roku. Dwa lata później,dotarły do miasta akta kanonizacyjne, rozpoczęto budowę świątyni jako wotum dziękczynne za wyniesienie królewicza na ołtarze.
Uroczystości kanonizacyjne ku jego czci trwały w Wilnie trzy dni i przypadły na maj 1604 roku. Ich kulminacją był 12 maja – dzień poświęcenia kamienia węgielnego pod budowę kościoła. Według kronik jezuickich, do fundamentów przyniesiono wówczas trzy ogromne głazy, leżące dotąd poza murami miasta. Nie ruszyłoby ich podobno nawet sto wołów. A jednak pewnego dnia poradziło sobie z jednym z nich ponad 700 mieszczan. Śmiejąc się i żartując, wspólnymi siłami, za pomocą lin, przywlekli pierwszy głaz na miejsce budowy. I obiecali sobie, że z pozostałymi dwoma zrobią to samo. „W krótkim czasie – notuje kronikarz – olbrzymy te postawiono dokładnie tam, gdzie trzeba, dzięki poświęceniu ludzi”.
W uroczystościach uczestniczyli najwyżsi dostojnicy świeccy i duchowni Wilna: biskup Benedykt Woyna, Lew Sapieha, Mikołaj Krzysztof Radziwiłł „Sierotka” oraz Jan Karol Chodkiewicz. Procesja wyruszyła z kościoła św. Stefana do katedry wileńskiej, niosąc brewiarz przywieziony z Rzymu i chorągiew św. Kazimierza. Na trasie ustawiono cztery arki triumfalne, przy których studenci Akademii Wileńskiej prezentowali intermedia.
Kamień węgielny pod budowę kościoła poświęcił biskup wileński Benedykt Woyna. Prace budowlane i wykończeniowe trwały dwanaście lat, do roku 1616. Na konsekrację świątynia musiała poczekać znacznie dłużej – dokonano jej dopiero w 1635 roku, blisko dwadzieścia lat później.
Na lokalizację kościoła wybrano jedno z najbardziej prestiżowych miejsc w Wilnie – mimo ciasnej, zwartej zabudowy miejskiej. W latach 1601–1605 prowincjał jezuicki Piotr Boksza systematycznie skupował od mieszczan parcele przeznaczone pod przyszły zespół kościelny oraz Dom Profesów, w którym zamieszkać mieli jezuici po zakończeniu formacji zakonnej i złożeniu ślubów. Po utworzeniu w 1608 roku prowincji litewskiej i polskiej Dom Profesów zyskał jeszcze na znaczeniu – stał się jej głównym ośrodkiem administracyjnym: siedzibą prowincjała oraz miejscem przechowywania archiwum.
Dzisiejszy wygląd kościoła znacznie różni się od pierwotnej formy wzniesionej w XVII wieku i wielokrotnie Ļóźniej przebudowywanej. W połowie XVIII wieku pracami renowacyjnymi kierował Jan Krzysztof Glaubitz, nadając świątyni cechy dojrzałego, późnego baroku.
W drugiej połowie XVIII wieku fasadę świątyni zdobiły figury św. Kazimierza oraz Najświętszej Maryi Panny. W niszy frontowej, na blasze, umieszczony był malowany wizerunek ukrzyżowanego Chrystusa, a ponad nim – duży krzyż kościelny z monogramem Towarzystwa Jezusowego.
Jednemu z dzwonów w wieżach nadano imię św. Kazimierza. Fronton przedsionka zdobił z kolei ngipsowy herb rodowy Wazów – snopek – nawiązujący do fundatorów świątyni: króla Zygmunta III Wazy, inicjatora budowy, oraz jego syna, Karola Ferdynanda Wazy.
Jak carska przebudowa starła jezuicki ślad z sylwety kościoła
Kościół św. Kazimierza wielokrotnie padał ofiarą pożarów i był wielokrotnie przebudowywany. W 1812 roku wojska francuskie urządziły w nim magazyn zboża, a po upadku Powstania Listopadowego przekształcono go w cerkiew św. Mikołaja. Po kolejnym powstaniu – styczniowum – carski generał-gubernator Michaił Murawjow zlecił rosyjskiemu architektowi Mikołajowi Czaginowi gruntowną przebudowę świątyni: skrócono wieże, a barokowe hełmy zastąpiono bizantyjskimi kopułami.
To wówczas zaburzono pierwotne proporcje kościoła. Od strony wejścia dobudowano przedsionek zwieńczony kopułą z charakterystycznym, cebulastym hełmem, a fasadę wzbogacono o ornamenty odpowiadające estetyce architektury prawosławnej. Zlikwidowano też pierwotne zwieńczenie kopuły – koronę, istotny element barokowej sylwety świątyni – zastępując je formą typową dla cerkwi. Całkowicie zmieniło to odbiór budynku.
Dlatego patrząc dziś na fasadę kościoła, warto pamiętać, że jest ona efektem wielu historycznych przekształceń, a nie wiernym odzwierciedleniem pierwotnego, jezuickiego projektu.
Podczas I wojny światowej, po zajęciu Wilna przez Niemców, świątynia pełniła funkcję protestanckiego kościoła garnizonowego. To właśnie wtedy fasada zyskała neobarokowe zdobienia, które przetrwały do dziś – jakby, mimo obcej liturgii, budynek zaczął odzyskiwać coś z utraconego, barokowego oblicza.
W 1917 roku kościół zwrócono katolikom, a w 1925 roku jezuici przeprowadzili jego renowację. Mogli jednak korzystać z niego jedynie przez dwie dekady. Po II wojnie światowej świątynię zamknięto, a w 1966 roku urządzono w nim Muzeum Ateizmu, które działało tam do 1989 roku.
W pażdzierniku 1988 roku kościół św. Kazimierza został zwrócony wiernym. Do dziś z dawnego barokowego wyposażenia wnętrza kościoła ocalały wyłącznie malowidła na kopule oraz ołtarz główny. Po zakończeniu prac restauracyjnych, 3 marca 1991 roku, arcybiskup Julijonas Steponavičius dokonał ponownego poświęcenia świątyni. Od tego czasu w kościele znów działają jezuici.
W 1997 roku w świątyni zainstalowano tzw. dzwony na wiatr – współczesną instalację artystyczną reagującą na podmuchy powietrza. Wydobywające się z niej dźwięki i melodie zależą od kierunku oraz siły wiatru. Pod częścią kościoła znajduje się krypta, w której przechowywane są relikwie św. Andrzeja Boboli, niegdyś kaznodziei i spowiednika tej świątyni, o czym przypomina tablica pamiątkowa umieszczona w przedsionku.
