Kalwaria Wileńska wraz z kościołem pw. Znalezienia Krzyża Świętego, ufundowana w latach 1662–1669 przez biskupa Jerzego Białłozora, powstała w czasie, gdy dostęp do Jerozolimy — z powodu panowania tureckiego nad Ziemią Świętą, niebezpieczeństw podróży i jej ogromnych kosztów pozostawał niemożliwy dla większości wiernych. Jest unikalnym miejscem kultu oraz żywym pomnikiem wiary i męki Chrystusa — nie tylko ze względu na architekturę, lecz także na swoją historię. Kalwarie w epoce baroku były czymś więcej niż tylko stacjami modlitwy i barokowym kaprysem epoki — były teatrem wiary, drogą wyobraźni, mapą duchowej wędrówki, po której stąpała nie tylko stopa pielgrzyma, ale i serce.
Największe sanktuaria kalwaryjskie powstawały w czasie kontrreformacji w XVII wieku w celu krzewienia kultu Chrystusa. Podobne sanktuarium powstało również nieopodal Wilna – wzorowane na Kalwarii Zebrzydowskiej, najstarszej kalwarii w Polsce. Pagórkowaty krajobraz Werek (lit. Verkiai) i wzgórza obrzeży wileńskich stały się naturalnym tłem dla 35 kaplic i bram wyznaczających stacje Męki Pańskiej. Rozrzucone w krajobrazie niczym paciorki różańca, uczyły modlitwy nie tylko ustami, ale i ciałem, ruchem, milczeniem.
Początki Kalwarii Wileńskiej sięgają 1662 r., gdy zaledwie rok po odbiciu Wilna z rąk moskiewskich biskup Jerzy Białłozor postanowił wznieść sanktuarium jako wotum dziękczynne — za ocalenie i odzyskanie miasta podczas wojny polsko-rosyjskiej. Specjalna komisja pod kierownictwem Gotarda Tyzenhauza wydzieliła pod nowe założenie około 170 ha ziemi w Werkach.a rozmieszczenie kaplic zaplanowano tak, by odległości między nimi odpowiadały rzeczywistej topografii jerozolimskiej Drogi Krzyżowej. Opiekę nad nowo powstałą Kalwarią powierzono dominikanom. Sam Białłozor nie doczekał ukończenia dzieła — zmarł w 1665 r., a konsekracja kościoła odbyła się dopiero w 1669 r., za jego następców.
Początkowo wzniesiono drewniany kościół, a następnie w Zesłanie Ducha Świętego, 9 czerwca 1669 r., biskup Aleksander Sapieha poświęcił pierwsze, ukryte wśród lasów kaplice. Jak głoszą źródła, biły wtedy dzwony wszystkich kościołów Wilna, a sam biskup sypał na drogę ziemię przywiezioną z Jerozolimy — symboliczny gest przeniesienia Ziemi Świętej do Werek.
Niedługo po tym, w 1675 r., kościół i klasztor strawił pożar. Gruntowna przebudowa nastąpiła dopiero w drugiej połowie XVII wieku. Odbudowano także kaplice stacyjne i poświęcono je ponownie. W 1793 r. wzniesiono nową zakrystię.
Dobra werkowskie wielokrotnie zmieniały właścicieli – po Massalskich należeli do Potockich, a od 1839 roku do książąt zu Sayn-Wittgenstein. W 1842 r. władze carskie skonfiskowały większość ziem, pozostawiając klasztorowi zaledwie 36 ha, a 10 lipca 1850 r., w odwecie za udział duchowieństwa w ruchach narodowych, zamknięto klasztor dominikański. Kościół stał się odtąd parafialnym i w tej formie przetrwał kolejne dziesięciolecia.
Najtragiczniejszy cios przyszedł jednak dopiero w drugiej połowie XX wieku. W nocy z 11 na 12 grudnia 1962 r., około godziny czwartej nad ranem, „nieznani sprawcy” działający z rozkazu władz sowieckich wysadzili w powietrze niemal wszystkie kaplice Drogi Krzyżowej — rok później dokończono ich rozbiórki. Ocalały jedynie cztery, stojące najbliżej kościoła, i to nie z litości reżimu, lecz z chłodnej kalkulacji: wstrząs od wybuchu mógłby zawalić również świątynię. A jednak — i to jest być może najmocniejsze świadectwo trwania tego miejsca — wierni nadal przychodzili. Modlili się w miejscach, gdzie niegdyś stały ołtarze, składali kwiaty i zapalali znicze na ruinach. Kaplice można było wysadzić; modlitwy — już nie.
W maju 1990 r., zaledwie kilka miesięcy po odzyskaniu przez Litwę niepodległości, ks. Julius Baltušis — proboszcz parafii kalwaryjskiej — podjął się rekonstrukcji Kalwarii. Prace finansowano z ofiar wiernych i ze środków litewskiego Funduszu Drogowego. Pierwszą odbudowaną kaplicę poświęcono 30 maja 1993 r., a uroczyste poświęcenie wszystkich 35 stacji Drogi Krzyżowej odbyło się w Zielone Świątki, w maju 2002 r. — po dokładnie czterdziestu latach od ich zniszczenia.
Sercem całego założenia jest barokowy kościół pw. Znalezienia Krzyża Świętego, przebudowany w latach 1755–1772 z drewnianej świątyni w murowaną przez Jana Krzysztofa Glaubitza — jednego z najwybitniejszych architektów wileńskiego późnego baroku. Dwuwieżowy, z rokokowymi hełmami i wolutowym szczytem, kościół wieńczy najwyższe wzgórze założenia, symbolicznie utożsamione z Golgotą. Zgodnie z układem kalwarii barokowych, świątynia stanowi krajobrazową dominantę całego zespołu — punkt kulminacyjny drogi pielgrzymki, ku któremu kierują kroki wszystkie stacje.

Wnętrze kościoła zdobią barokowe malowidła ścienne — sceny biblijne wykonane częściowo techniką al fresco (na mokrym tynku), częściowo al secco (na suchym) — oraz iluzjonistyczne freski wykorzystujące popularną w epoce kwadraturę, czyli perspektywiczne malarstwo architektoniczne rozszerzające optycznie przestrzeń wnętrza. Całość uzupełnia bogata dekoracja rokokowa, której ozdobą jest okazały ołtarz główny poświęcony ukrzyżowanemu Chrystusowi.
Najcenniejszym skarbem kościoła jest jednak relikwia Krzyża Świętego, podarowana świątyni w 1782 r. przez papieża Piusa VI i przechowywana w XVIII-wiecznym srebrnym, pozłacanym relikwiarzu inkrustowanym kryształami. To dar znaczący nie tylko ze względu na rangę donatora — sam fakt obecności fragmentu Lignum Crucis w kościele pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego, na końcu Drogi Krzyżowej liczącej 35 stacji, zamyka klamrą całą duchową logikę Kalwarii Wileńskiej. Pielgrzym, który przebył drogę odpowiadającą jerozolimskiej, na jej końcu może uklęknąć przed prawdziwym fragmentem tego, co odnaleziono.

Droga Krzyżowa
W Kalwarii Wileńskiej tradycji nie zniszczył ani czas, ani pełna tragedii historia. Wspinając się na kolanach rozmodleni pielgrzymi obchodzą Drogę Krzyżową szukając ukojenia i pojednania się z Bogiem. Później udają się do kościoła, gdzie adorują relikwie Krzyża św.

14 dnia każdego miesiąca w kościele wspólna adoracja relikwii Krzyża Św. Msze św. odbywają się w języku litewskim i polskim.

